A la edad de trece años comienza su formación musical de la mano del guitarrista cordobés Antonio Osuna.
Poco después comenzó su andadura como concertista y acompañante en la mayoría de las Peñas Flamencas de Barcelona.
Con quince años debuta de la mano de Manolo del Río
en el tablao flamenco "Bodega del Toro". Poco después, con diecisiete,
entra a formar parte del elenco artístico en el tablao "El Cordobés",
donde, a la sazón, actuaban figuras de la talla de Camarón de la Isla, Lole y Manuel, Farruco, etc.
Tres años después es auspiciado por el flamencólogo Carlos Almendros para participar en el prestigioso Concurso Internacional de Guitarra Flamenca de Jerez de la Frontera, donde obtiene, con dieciocho años, su primer galardón.
A partir de entonces se convierte en uno de los guitarristas más
solicitados para acompañar al cante en los festivales flamencos que por
entonces se prodigan en Barcelona.
En la década de los ochenta, actúa como solista y primer
guitarrista de Maruja Garrido durante más de seis años en el tablao
flamenco Los Tarantos, después de haber acompañado a algunos de los cantaores y bailaores más representativos del mundo flamenco en Barcelona, como La Tani, Manuel Núñez, Tamara Carmona, Faraón, Curro..
En 1986 se traslada a los Estados Unidos, donde permanece algunos
años. A su llegada actúa en la embajada española, situada en la ciudad
de New York. Aquí es presentado al maestro Sabicas y entabla amistad con el maestro Mario Escudero.
Trabaja por aquel entonces en el histórico tablao flamenco de la Gran Manzana "El Cható Madrid",
hoy ya desaparecido. Por entonces comparte escenario con la mayoría de
los artistas flamencos españoles y autóctonos de aquellos momentos. Será
en Nueva York y Miami donde también comenzará a ejercer como profesor
de guitarra flamenca.
En 1992 regresa a Barcelona, donde pasa a formar parte del grupo de su hermano Juan Manuel Cañizares, actuando junto a este en numerosos festivales de toda Europa.
En 1993 recibió el Primer Premio Nacional de Guitarra Flamenca "Bordón Minero",
en el marco del XXIII Festival de la Minas, celebrado en La Unión
(Murcia). En este mismo año será invitado por el afamado músico
británico Mike Oldfield a participar como artista invitado en su gira española.
A lo largo de su carrera, ha acompañado a figuras del arte flamenco como Fosforito,
Perro de Paterna, Diego Clavel, Manuel Gerena, Curro de Utrera, El
Cabrero, Manolo del Río, Curro de Lucena, La Galleguita, Miguel Vargas,
Duquende, Chocolate, Curro Malena, La Niña de la Puebla, Ana Reverte,
Roque Montoya Jarrito, Naranjito de Triana, Luis de Córdoba, Jiménez
Rejano, Morenito de Illora, La Galleguita, Pepe Núñez El Loreño,
Duquende, Blas Córdoba el Duende.
También ha colaborado en trabajos con músicos de la talla de Carlos Benavente, Jorge Pardo, Salvador Niebla, Albert Pla, Ze Eduardo, etc.
En 1992 funda, en Sabadell, la primera Flamenco Guitar School de Cataluña y donde actualmente imparte clases.
Rafael Cañizares es licenciado en Guitarra Flamenca y, desde hace
diez años, ejerce como profesor titular de la disciplina en la Escuela Superior de Música de Cataluña (ESMUC).
